A Fundação de Apoio à Pesquisa Científica e Tecnológica da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro – FAPUR foi instituída pelo Conselho da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, por decisão tomada em 03 de julho de 1996, Deliberação nº. 17 e processo nº. 18.120/96/MP da Provedoria de Fundações da Procuradoria Geral da Justiça do Estado do Rio de Janeiro, com personalidade jurídica de direito privado, sem fins lucrativos, com autonomia patrimonial, administrativa e financeira.
           A escritura pública de instituição, dotação e de estatutos da FAPUR data de 1 de novembro de 1996, (16º  Oficio de Notas do Rio de Janeiro) sendo outorgante instituidor a UFRRJ, representada pelo Reitor Manlio Silvestre. A Instalação e posse dos integrantes dos Conselhos Superior e técnico da FAPUR ocorreu em reunião presidida pelo Reitor Manlio Silvestre, realizada em 29 de novembro de 1996, e posteriormente em outra reunião realizada na mesma data, foi eleita a primeira Diretoria executiva e o Conselho Fiscal.
         Desde a sua criação, a FAPUR veio progressivamente se consolidando na UFRRJ, expandindo suas atividades, apoiando projetos de pesquisa de professores e pesquisadores da UFRRJ, intermediando o estabelecimento de convênios entre a UFRRJ – sua instituidora – e órgãos de fomento, prestando ainda serviços à comunidade,  atendendo assim a sua finalidade máxima de dar apoio a projetos de pesquisa, ensino, extensão e de desenvolvimento institucional da UFRRJ.
             Conforme reza seu Estatuto, desde a sua criação a FAPUR tem sido dirigida por uma Diretoria Executiva eleita pelo Conselho Superior da Fundação, sendo este composto por membros indicados pelo Conselho Universitário e por membros eleitos pelo Conselho Técnico-científico.